Cette décision, fondée sur le principe d’égalité entre les agents publics, encadre les conditions dans lesquelles chaque collectivité territoriale peut prévoir le maintien du bénéfice de ces indemnités aux fonctionnaires placés en congés.
Dans une décision du 4 juillet 2024, le Conseil d’Etat reconnait à chaque assemblée délibérante d’une collectivité territoriale, en vertu du principe d’égalité entre les agents publics, la faculté de prévoir le maintien des indemnités attachées à l’exercice des fonctions pour les fonctionnaires placés en congé de maladie ordinaire ou d’accident ou de maladie imputable au service.
Le statut de la fonction publique territoriale confie aux assemblées délibérantes la détermination du régime indemnitaire dont bénéficient les fonctionnaires de la collectivité, sans que ce régime ne puisse être plus favorable que celui des fonctionnaires de l’Etat (art. L. 714-4 du code général de la fonction publique). Ainsi, la collectivité territoriale peut décider de fixer des conditions plus restrictives que celles qui sont applicables aux fonctionnaires d’Etat en la matière.
Néanmoins, le principe d’égalité entre les agents publics impose à la collectivité territoriale, lorsqu’elle a fixé son régime indemnitaire, de l’appliquer de la même manière à tous les fonctionnaires ne se trouvant pas dans une situation différente au regard de l’objet du régime.
S’agissant précisément des modalités de maintien du régime indemnitaire en cas de congés maladie, il revient là encore à l’assemblée délibérante de les déterminer.
Le régime applicable aux fonctionnaires d’Etat (décret n° 2010-997) prévoit le maintien des indemnités attachées à l’exercice des fonctions pour les fonctionnaires placés en congé de maladie ordinaire ou à raison d’un accident ou d’une maladie imputable au service. A l’inverse, il exclut le maintien de ces indemnités lors de congé de longue maladie ou de longue durée, sauf s’ils résultent du service.
En application du principe d’égalité entre les agents publics, le juge étend aux fonctionnaires territoriaux la même règle. Il en découle que les fonctionnaires territoriaux peuvent voir les indemnités attachées à l’exercice de leurs fonctions maintenues en cas de congé de maladie ordinaire, d’accident ou de maladie imputable au service. En revanche, il est interdit à une collectivité territoriale d’en prévoir le maintien en cas de congé de longue maladie ou de longue durée qui n’aurait pas de lien avec le service.
Toutefois, contrairement à ce qu’il en est pour les fonctionnaires de l’Etat, les collectivités territoriales ne sont pas tenues de maintenir le versement de ces indemnités dans les cas dans lesquels ce maintien est possible.