Dans sa décision du 29 janvier 2025, le Conseil d’Etat a précisé que le droit à la protection fonctionnelle ne s’applique pas aux agents publics faisant l’objet de poursuites devant la Cour des comptes.
La décision n°497840 portait sur un recours formé contre une note du Secrétariat général du Gouvernement du 2 avril 2024 relative au nouveau régime de responsabilité des gestionnaires publics et à la protection fonctionnelle. Les requérants contestaient la limitation d’une telle protection aux seules poursuites pénales, considérant qu’elle devait inclure également les poursuites engagées devant la Cour des comptes.
Le Conseil d’Etat a examiné les dispositions applicables pour déterminer si la protection fonctionnelle pouvait couvrir les poursuites engagées devant la Cour des comptes. Il a rappelé à cet égard que le code général de la fonction publique prévoit cette protection pour les agents publics lorsqu’ils sont poursuivis pénalement pour des faits liés à l’exercice de leurs fonctions, à condition que de tels fait ne constituent pas une faute personnelle détachable du service.
La haute juridiction administrative a constaté que les sanctions financières prononcées par la Cour des comptes ne revêtent pas stricto sensu un caractère pénal mais relèvent d’un régime de responsabilité spécifique aux gestionnaires publics prévu par le code des juridictions financières. En conséquence, elle a jugé que les agents concernés ne peuvent bénéficier de la protection fonctionnelle sur le fondement du code de la fonction publique.
Le Conseil d’État a ajouté que dans la mesure où ni le code général de la fonction publique, ni le principe général du droit à la protection fonctionnelle n’imposent à l’administration d’accorder une telle protection à un agent poursuivi devant la chambre du contentieux de la Cour des comptes. Cependant il a également souligné qu’aucune disposition n’interdit à l’administration d’apporter un soutien à l’agent poursuivi, notamment sous la forme d’une assistance juridique ou technique, ce soutien relevant de sa seule appréciation et non d’une obligation légale.