Sa création, en 1998, résulte de la fusion de trois services :
- un service contentieux : l’Agent judiciaire du Trésor (aujourd'hui Agent judiciaire de l'État), créé par le décret révolutionnaire du 21 juillet 1790 ;
- un service chargé du droit de la commande publique : le Secrétariat général de la Commission centrale des marchés ;
- un service à la fois contentieux et de conseil : la sous-direction des Affaires juridiques et contentieuses, qui relevait de la direction générale de l’Administration et des Finances du secrétariat d’État à l’Industrie.
