Écrit le 13/10/2026
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Attestation de salaire, indemnités complémentaires, déclaration à l’Assurance Maladie, visite médicale de reprise… En cas d’arrêt maladie d’un salarié, plusieurs démarches vous incombent. Découvrez les formalités à accomplir, les délais à respecter et vos droits.
Qu’est-ce qu’un arrêt de travail ?
Un arrêt de travail est prescrit par un professionnel de santé habilité lorsque l’état de santé d’un salarié ne lui permet pas d’exercer son activité professionnelle.
Il peut notamment être prescrit en cas :
- de maladie d’origine non professionnelle,
- d’accident du travail ou de trajet,
- de maladie professionnelle.
À savoir
Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts maladie prescrits est, en principe, limitée à 31 jours pour un arrêt initial et à 62 jours pour chaque prolongation.
Le professionnel de santé peut toutefois prescrire une durée supérieure si l’état de santé du salarié le justifie.
Ces plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte.
Arrêt de travail d’un salarié : quelles démarches devez-vous accomplir ?
Vos démarches au début de l’arrêt de travail
Votre salarié doit vous informer de son arrêt de travail et vous transmettre le volet 3 de son avis d’arrêt de travail, en principe dans les 48 heures suivant le début de son absence.
Dès que vous avez connaissance de l’arrêt, vous devez établir une attestation de salaire et transmettre les informations nécessaires à l’Assurance Maladie. Cette démarche permet de déterminer les droits de votre salarié aux indemnités journalières et d’en calculer le montant.
Si vous utilisez la déclaration sociale nominative (DSN), les délais de transmission dépendent de votre situation :
- Si vous ne pratiquez pas la subrogation : vous devez transmettre le signalement d’arrêt de travail dans les cinq jours suivant la connaissance de l’arrêt.
- Si vous pratiquez la subrogation : vous devez transmettre les éléments de salaire dès réception de l’arrêt et au plus tard avec la DSN mensuelle du mois au cours duquel l’arrêt est survenu.
La subrogation permet à votre entreprise de percevoir directement les indemnités journalières de l’Assurance Maladie lorsqu’elle maintient la rémunération du salarié, sous certaines conditions.
Que faire en cas de prolongation de l’arrêt de travail ?
Il n’est pas nécessaire d’établir une nouvelle attestation de salaire si les conditions suivantes sont réunies :
- la prolongation est dans la continuité de l’arrêt initial, sans interruption entre les arrêts,
- la durée totale de l’arrêt ne dépasse pas six mois.
Dans ce cas, il vous suffit de mettre à jour la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans votre logiciel de paie, sans effectuer de nouveau signalement DSN.
Si la durée totale de l’arrêt maladie dépasse six mois, une nouvelle attestation de salaire doit être transmise, automatiquement via le signalement DSN.
Cette démarche n’est pas nécessaire en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle déjà reconnu et pris en charge.
Vos démarches à la reprise du salarié
Lorsque votre salarié reprend le travail après un arrêt, vous devez déclarer sa reprise.
Les formalités dépendent de la date de son retour :
- Si la reprise intervient à la date prévue par l’avis d’arrêt de travail, vous devez la renseigner dans votre déclaration sociale nominative (DSN) mensuelle.
- Si la reprise intervient avant la date prévue, vous devez effectuer un signalement de reprise anticipée dans les cinq jours suivant son retour, au moyen d’une DSN événementielle.
Ce signalement permet à l’Assurance Maladie d’interrompre le versement des indemnités journalières.
Si vous ne pouvez pas effectuer ce signalement par la DSN, vous pouvez envoyer le formulaire d’attestation de salaire correspondant à la nature de l’arrêt, en précisant la date de reprise anticipée.
Attention : une reprise anticipée non déclarée peut entraîner le versement d’indemnités journalières indues et exposer votre entreprise à des sanctions financières.
À savoir
La visite médicale de reprise du travail n’est pas systématique.
Elle est obligatoire après :
- un arrêt d’au moins 60 jours pour maladie ou accident d’origine non professionnelle,
- un arrêt d’au moins 30 jours à la suite d’un accident du travail,
- un arrêt pour maladie professionnelle, quelle que soit sa durée,
- un congé de maternité.
Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt de travail, vous devez contacter le service de prévention et de santé au travail afin qu’il organise cette visite. Elle doit avoir lieu le jour de la reprise ou, au plus tard, dans les huit jours calendaires suivants.
Pour les arrêts de travail délivrés depuis le 15 juin 2026, la visite de reprise n’est pas obligatoire si les deux conditions suivantes sont réunies :
- le salarié a bénéficié d’une visite de pré-reprise dans les 30 jours précédant sa reprise effective du travail,
- le médecin du travail a conclu, lors de cette visite, qu’aucun aménagement du poste ou du temps de travail n’était nécessaire.
Cette dispense ne s’applique pas si le salarié, l’employeur ou le médecin du travail demande qu’une visite de reprise soit organisée.
Devez-vous verser des indemnités complémentaires au salarié en arrêt de travail ?
En cas d’arrêt de travail, votre salarié peut percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) et, sous certaines conditions, des indemnités complémentaires versées par votre entreprise.
Pour bénéficier de cette indemnisation complémentaire prévue par la loi, votre salarié doit remplir les conditions suivantes :
- justifier d’au moins une année d’ancienneté dans votre entreprise,
- vous avoir transmis un justificatif de son arrêt de travail dans les 48 heures, sauf circonstances particulières,
- bénéficier des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale,
- être soigné en France ou dans un pays de l’Espace économique européen (EEE),
- ne pas appartenir aux catégories exclues du dispositif légal, notamment les travailleurs à domicile, saisonniers, intermittents ou temporaires.
Les indemnités complémentaires légales permettent, avec les indemnités journalières de la Sécurité sociale, de garantir au salarié :
- 90 % de sa rémunération brute pendant une première période de 30 à 90 jours,
- 66,66 % de sa rémunération brute pendant une seconde période de 30 à 90 jours.
La durée de ces périodes varie selon l’ancienneté du salarié.
Pour calculer le montant des indemnités complémentaires à verser, vous devez déduire les indemnités journalières de la Sécurité sociale et, le cas échéant, les prestations issues d’un régime complémentaire de prévoyance financé par votre entreprise.
À savoir
En cas d’arrêt maladie, les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont, en principe, versées à partir du quatrième jour d’arrêt, après un délai de carence de trois jours.
Les indemnités complémentaires légales versées par votre entreprise sont, quant à elles, dues à partir du huitième jour d’arrêt, après un délai de carence de sept jours.
En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, les indemnités complémentaires légales sont dues dès le premier jour d’absence. En revanche, le délai de carence de sept jours reste applicable en cas d’accident de trajet.
Votre convention collective ou un accord applicable à votre entreprise peut prévoir des dispositions plus favorables, notamment un maintien intégral du salaire ou une indemnisation dès le premier jour d’arrêt.
Arrêt de travail d’un salarié : quels sont vos droits ?
Pouvez-vous demander une contre-visite médicale ?
Lorsque vous versez des indemnités complémentaires à un salarié en arrêt maladie, vous pouvez demander une contre-visite médicale, réalisée par un médecin mandaté par votre entreprise.
Cette visite permet de vérifier si l’arrêt de travail reste médicalement justifié, y compris sa durée.
Elle peut être effectuée pendant l’arrêt de travail :
- au domicile ou au lieu de repos du salarié, sans information préalable, dans les conditions prévues par la réglementation,
- au cabinet du médecin chargé du contrôle, sur convocation du salarié.
Pour permettre ce contrôle, le salarié doit vous communiquer son lieu de repos s’il est différent de son domicile et vous informer de tout changement. Si son arrêt prévoit des sorties libres, il doit également vous indiquer les horaires auxquels la contre-visite peut être effectuée.
À l’issue de la contre-visite, le médecin vous communique ses conclusions. Vous devez en informer le salarié sans délai.
Si le salarié refuse sans motif légitime de se soumettre au contrôle, si celui-ci ne peut être réalisé pour un motif qui lui est imputable ou si le médecin conclut que l’arrêt n’est pas justifié, vous pouvez suspendre le versement des indemnités complémentaires. Cette suspension ne concerne pas les indemnités dues pour la période antérieure à la contre-visite.
Attention : vous ne devez en aucun cas utiliser les résultats de cette contre-visite pour sanctionner le salarié de quelque autre manière dans le cadre de l’exécution de son contrat de travail.
À savoir
La contre-visite demandée par l’employeur est distincte des contrôles réalisés par l’Assurance Maladie. Seule cette dernière peut décider de suspendre le versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale.
Pouvez-vous demander au salarié la raison de son arrêt maladie ?
Non. Vous ne pouvez pas exiger de votre salarié qu’il vous communique son diagnostic ou la nature de sa maladie. Ces informations sont couvertes par le secret médical.
Pendant son arrêt de travail, le contrat de travail du salarié est suspendu. Vous ne pouvez donc pas lui demander de poursuivre son activité professionnelle, même ponctuellement.
Le salarié reste toutefois soumis à une obligation de loyauté envers votre entreprise.
Ressources complémentaires
- Dossier Arrêt de travail d'un salarié sur ameli.fr
- Contrôle d’un salarié en arrêt de travail, quelles sont les règles ? sur service-public.gouv.fr
