Le Médiateur des entreprises intervient dès lors que des difficultés apparaissent dans la relation client (privé ou public) - fournisseur, l'application d'une clause contractuelle (formalisée ou tacite), le déroulement, l'interruption ou la résiliation d'un contrat (privé ou marché public).
Tout opérateur économique (entreprise ou acteur public), quel que soit son secteur d’activité, peut saisir le médiateur des entreprises, même s'il s'agit d'une société placée en sauvegarde ou en redressement judiciaire ou bénéficiant d’un mandat ad hoc ou d’une procédure de conciliation. Dans ce cas, l’action du médiateur est conduite en accord avec la personne désignée par le Tribunal de commerce. Les entreprises en liquidation judiciaire ne sont pas éligibles.
Dans l’hypothèse où une action judiciaire est en cours, le médiateur apprécie au cas par cas la recevabilité du dossier en fonction de l’état d’avancement de la procédure. L’entreprise peut, le cas échéant, demander au juge le renvoi de l’audience à une date ultérieure afin d’engager un processus de médiation.
Tout dossier ayant fait l'objet d'une saisine d'un Comité consultatif de règlement amiable des litiges (CCRA) peut également être porté devant le médiateur des entreprises.
Dans le cadre d'une médiation entre entreprises, le processus de médiation suspend les délais de recours contentieux (article 2238 du Code civil). Lorsqu'une médiation concerne une commande publique, la saisine du Médiateur interrompt les délais de prescription (article 142 du décret n°2016-360 du 25 mars 2016).