Le régime indemnitaire des frais de déplacement temporaire des personnels civils de l'Etat(1) est fixé par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 qui instaure un tronc commun de règles applicables, pour les différents types de déplacement (missions, tournées, stages, intérim), à toutes les destinations (métropole, outre-mer et étranger).
Le cadre financier général est fondé sur trois arrêtés interministériels qui fixent les taux ou montants de remboursement, étant observé que certains d'entre eux constituent des taux modulables par arrêté ministériel dans la limite des plafonds fixés par les arrêtés interministériels suivants (frais d'hébergement en métropole et outre-mer) :
- l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié par l'arrêté du 26 avril 2007 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret susvisé
- l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de stage de formation initiale prévues aux articles 3 et 7 dudit décret ;
- l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié par l'arrêté du 26 août 2008 fixant les taux des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 dudit décret.
Dans les limites et selon les conditions définies par le décret, les entités publiques définissent le régime indemnitaire applicable à leur organisation. Il convient, par conséquent, le cas échéant, de se reporter aux textes pris à cet effet.
1- Les déplacements temporaires des personnels de l'Etat à l'étranger
En ce qui concerne les personnels civils de l'Etat, la répartition en trois groupes prévalant dans le cadre de la précédente réglementation a été supprimée. La réglementation relative aux frais de missions (les conditions et modalités de prise en charge des frais de transports des personnes.) contenue dans le décret du 12 mars 1986 est abrogée.
De nouvelles dispositions ont été consacrées par le décret du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat. Ainsi, l'arrêté du 3 juillet 2006 fixe le barème des indemnités journalières forfaitaires pour les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat à l'étranger.
2- Les déplacements temporaires des personnels de l'Etat en outre-mer
1° Déplacements temporaires dans les DOM
Les déplacements temporaires dans les DOM concernent les quatre départements d'outre-mer (Martinique, Guadeloupe, Guyane et Réunion) ainsi que ceux effectués dans la collectivité départementale de Mayotte et la collectivité territoriale de Saint-Pierre et Miquelon.
- Le montant des indemnités de mission qui leur est applicable, en application de l'article 7-2ème alinéa du décret du 3 juillet 2006, est fixé par le ministre ou par délibération du conseil d'administration de l'établissement dans la limite d'un plafond de 90 €, conformément à l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié.
- Pour l'indemnité de tournée, ce plafond est, conformément à l'article 3 de l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié, égal à 70 % de celui des missions, soit 63 €.
Ces indemnités recouvrent les frais d'hébergement et de restauration, à raison respectivement de 65 et 35 % du montant défini par les ministères ou établissements. - Les taux des indemnités de stages de formation initiale prévus aux articles 3 et 7 du décret du 3 juillet 2006, sont fixés par l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 comme suit :
| Lieu du stage | Taux en euros |
| Martinique et Guadeloupe | 9,5 |
| Guyane | 11,4 |
| La Réunion et Mayotte | 13 |
| Saint-Pierre-et-Miquelon | 12 |
2° Déplacements temporaires dans les COM
Les déplacements effectués dans l'une des trois COM concernent les collectivités de la Nouvelle-Calédonie, la Polynésie française et les îles de Wallis et Futuna.
Les montants des indemnités fixées par l'arrêté interministériel du 3 juillet 2006 s'établissent comme suit :
- Des indemnités journalières de missions sont versées :
- Pour les déplacements entre la métropole, la Nouvelle Calédonie, la Polynésie française ou Wallis et Futuna.
- Pour les déplacements entre un DOM et l'un de ces trois territoires.
- Pour les déplacements entre Mayotte ou Saint-Pierre-et-Miquelon et l'un de ces trois territoires.
Le barème des taux des indemnités de mission est fixé par un arrêté ministériel ou une délibération du conseil d'administration dans la limite d'un plafond de 120 euros ou 14 320 francs CFP pour la Nouvelle-Calédonie, les îles de Wallis-et-Futuna et de la Polynésie française.
- Des indemnités journalières de tournée sont versées pour les déplacements à l'intérieur de l'une de ces trois collectivités d'outre-mer. Le montant maximal de l'indemnité de mission pouvant être attribué à l'occasion d'une tournée est égal à 70 % du taux maximal de l'indemnité de mission applicable dans la COM considérée soit 84 euros.
- Les taux des indemnités de stages de formation initiale prévus aux articles 3 et 7 du décret du 3 juillet 2006, versées à l'occasion des déplacements effectués à l'intérieur de l'une de ces trois collectivités, sont fixés par l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 comme suit :
| Lieu du stage | Taux en euros | Taux en francs CFP |
| Nouvelle Calédonie | 15,4 | 1838 |
| Wallis et Futuna | 14,7 | 1754 |
| Polynésie française | 15,7 | 1874 |
Pour les personnels militaires de l'Etat, les groupes sont, pour le moment, maintenus.
Le groupe I correspond aux officiers généraux, colonels, capitaines de vaisseau, lieutenants-colonels et capitaines de frégate ou assimilés, le groupe II aux commandants, capitaines de corvette, capitaines, lieutenants de vaisseau ou assimilés, le groupe III aux lieutenants, enseignes de vaisseau de 1ère classe, sous-lieutenants, enseignes de vaisseau de 2ème classe, aspirants, majors, adjudants-chefs, maîtres principaux, premiers maîtres, sergents-majors et maîtres ou assimilés, le groupe IV aux autres sous-officiers mariniers, caporaux-chefs, quartiers-maîtres de 1ère classe et le groupe V aux caporaux, hommes de troupe ou assimilés.
Les personnels militaires en mission dans les COM restent soumis au barème ci-après conformément à l'arrêté du 23 janvier 1985 :
| GROUPE I | GROUPE II | GROUPE III | GROUPE IV | |
| Nouvelle Calédonie | 10 010 F CFP soit 83,88 € |
8 230 F CFP soit 68,97 € |
7 660 F CFP soit 64,19 € |
6 680 F CFP soit 55,98 € |
| Wallis et Futuna | 9 450 F CFP soit 79,19 € |
7 465 F CFP soit 62,56 € |
6 710 F CFP soit 56,23 € |
6 225 F CFP soit 52,17 € |
| Polynésie française | 10 780 F CFP soit 90,34 € |
8 860 F CFP soit 74,25 € |
8 245 F CFP soit 69,09 € |
7 195 F CFP soit 60,29 € |
(1) dont le champ est défini à l'article 1er