Service à compétence nationale depuis le 6 décembre 2006, Tracfin est placé sous l'autorité du ministre de l’Économie, des Finances et de la Souveraineté industrielle et numérique.
Le Service s'organise autour d'un État-major, d'un secrétariat général et de plusieurs départements opérationnels.
Au 1er janvier 2023, le service est composé de près de 200 agents dont 7 agents de liaison mis à disposition de TRACFIN par leur administration d’origine (Police, Gendarmerie, Douanes, DGFiP, ACOSS et ACPR).