Créée en 2009 lors de la crise de la grippe aviaire, la cellule de continuité économique a été intégrée dans l'organisation gouvernementale pour la gestion des crises majeures par la circulaire du Premier ministre n° 5567/SG du 2 janvier 2012.
La CCE a été activée à l'occasion de crises de nature très différente :
- juillet 2016 : conséquences économiques de l'attentat de Nice du 14 juillet 2016
- juin 2016 : conséquences économiques de la crue de la Seine et des mouvements sociaux
- Hiver 2015-printemps 2016 : conséquences économiques des attentats du 13 novembre à Paris et Saint-Denis
- 2012 : conséquences économiques liées à la chute du régime de Ben Ali en Tunisie
- 2010 : conséquences économiques de la crise des hydrocarbures
- 2009 : conséquences économiques liées à la gestion de la pandémie de grippe A (H1N1)