L’APE s’assure de la cohérence des positions des représentants de l'État, qu’elle contribue à définir, au sein des conseils d’administration ou de surveillance d’entreprises du périmètre de l'agence.
Les cadres en fonction à l'APE sont très régulièrement nommés administrateurs représentant l’État. Aujourd’hui, une vingtaine d’entre eux participent ainsi directement aux organes de gouvernance d’une cinquantaine d’entreprises. Ils participent également aux différents comités mis en place par les entreprises.
L'Agence a par ailleurs défini, dans le cadre des règles de gouvernance régissant ses relations avec les entreprises à participations de l'État, les modalités d’un reporting régulier et a posé le principe de réunions de bilan et de préparations des principales échéances.
L'APE est organisée de façon matricielle : quatre pôles d'expertise (audit-comptabilité, finances, juridique, communication) et un secrétariat général apportent leur concours aux quatre directions de participations chargées des relations avec les entreprises.
L’APE dispose ainsi, pour l’exercice de ses missions, d’un effectif d'une vingtaine de chargés de participations, fonctionnaires pour l’essentiel et quelques contractuels notamment au sein des pôles d’expertise. S’ajoutent par ailleurs une vingtaine de cadres dans les fonctions supports et les secrétariats.
Les moyens de fonctionnement de l'APE sont pour l’essentiel retracés dans le programme budgétaire 305 « Stratégie économique et fiscale » du Ministère de l'économie et des finances.
Ces prestations portent généralement sur le montage des opérations, leurs enjeux stratégiques, juridiques et financiers mais aussi sur les travaux d’évaluation. Elles permettent d’accompagner l’expertise de l’APE sur des dossiers jugés stratégiques par le Gouvernement, avec des entreprises évoluant dans un environnement de plus en plus complexe.
A ces crédits s'ajoutent enfin des crédits de fonctionnement courant (Informatique, missions, abonnement…) pilotés par le secrétariat général du ministère (programme 218) ainsi que l’ensemble des coûts mutualisés au sein du ministère.
Service à compétence nationale, l’APE agit sous l’autorité du Ministre de l'économie et des finances :
- pour toute question relevant de la stratégie industrielle d’une entité du périmètre APE, à l’exception des entreprises relevant du secteur bancaire ou des assurances ;
- pour l’ensemble des questions recouvrant des enjeux de politique industrielle et dont la portée excède le périmètre d’une seule industrielle d’une entité du périmètre APE.
Le Commissaire aux participations de l'État et ses principaux collaborateurs peuvent également être auditionnés par les parlementaires, notamment à l’occasion de l'examen du projet de la loi de finances, ou par la Cour des comptes dans le cadre de ses missions de contrôle des entreprises publiques.
L'APE établit pour le gouvernement un rapport annuel transmis au Parlement (le rapport de l'État actionnaire).
L'intégralité des produits de cession est versée sur un compte d’affectation spécial « Participations financières de l'État » (CAS PFE), mission composée de 2 programmes. Le CAS peut être mobilisé soit pour capitaliser ou recapitaliser des participations publiques (programme 731 « Opérations en capital intéressant les participations financières de l'État ») soit pour contribuer au désendettement de l’État (programme 732 « Désendettement de l'État ou d'établissements publics de l'État »).
Les produits de cession ne servent donc pas à financer le fonctionnement courant de l'État.
L’objet et le fonctionnement du CAS PFE sont strictement encadrés par l'article 21-I de loi organique relative aux lois de finances du 1er août 2001.
Les dividendes perçus par l’État au titre de ses participations constituent des recettes budgétaires de l'État (plus précisément des recettes non fiscales).